وهو احد المساجد السبعة ومن المعالم التي يزورها القادمون إلى المدينة المنورة، وهي مجموعة مساجد صغيرة عددها الحقيقي ستة وليس سبعة ولكنها اشتهرت بهذا الاسم، نظراً لإضافة البعض لمسجد القبلتين ضمن هذه المساجد، وذلك لأن من يزورها يزور ذلك المسجد أيضاً في نفس الرحلة فيصبح عددها سبعة.
يقع مسجد علي إلى الشمال الغربي من مسجد الغمامة على بعد (300)متر منه تقريباً ويروى أنه من المواضع التي صلى فيها النبي صل الله عليه وسلم العيد, وأن علي بن أبي طالب رضي الله عنه صلى العيد فيه من بعده, ويروى أن علياً قتل في هذا الموقع عمرو بن ود العامري الذي اجتاز الخندق في غزوة الأحزاب.
بُني المسجد لأول مره في إمارة عمر بن عبد العزيز على المدينة المنورة, 87 ـ 93هـ ـ 706 ـ 712م, وجُدد عدة مرات آخرها عام 1411هـ ـ1990م, وبناؤه مستطيل الشكل, طوله من الشرق إلى الغرب واحد وثلاثون متراً,وعرضه اثنان وعشرون متراً, يتكون من رواق واحد مسقوف بسبعة قباب أعلاها قبة المحراب, وينفتح من الجهة الشمالية على صحن مستطيل مكشوف, ومنارة المسجد في الجهة الشرقية. وقد تمت توسعة المسجد في عهد خادم الحرمين الشريفين الملك فهد بن عبدالعزيز يرحمه الله.