يعود تاريخ بناء مسجد الشافعي إلى زمن الخليفة عمر بن الخطاب رضي الله عنه، فيما كانت آخر عملية إصلاح وترميم للمبنى قبل 500 عام، ومنذ تلك السنوات والمسجد لم يشهد أي عملية ترميم، ويأحذ طراز المسجد في الشكل الداخلي والخارجي طابع العمارة الفاطمية في البناء،
حيث استخدمت في بنائه المواد الأولية التي استخدمت في القرون الماضية والتي تعتمد على الطين البحري والحجر المنقبي والأخشاب، وخلال عملية التنقيب والبحث في المسجد عثر على محراب تحت المحراب الحالي للمسجد يتجاوز عمره 1000 عام، كما عثر على أحجار كريمة ومرجان تحت الترميمات التي نفذت قبل 500 عام .
بنيت منارة مسجد الشافعي في القرن الثالث عشر الميلادي السابع الهجري،
عمارة المسجد تتكون من مربع وسطه مكشوف للقيام بعملية التهوية، وتم بناء المسجد باستخدامه المواد التقليدية في عملية البناء، والمكونة من الطين البحري والحجر المنقبي والأخشاب وهي من المواد الأساسية التي كان سكان جدة يعتمدون عليها بحكم طبيعة الأجواء،
ويعد المسجد أحد أهم المواقع الإسلامية في المدينة، إذ يحكي واقع الإسلام قبل 1400 عام،
ويأخذ المسجد شكل البناء المستطيل الشكل وينقسم إلى قسمين، ويمتد من الغرب إلى الشرق، فالجزء الغربي يمتد على هيئة صحن مكشوف مربع الشكل وسط دكة ترتكز على أربعة أعمدة، والقسم الثاني هو الجزء الشرقي، وهو إيوان القبلة، ويحتوي على صفين من البوائك، تعلوها عقود مدببة تقسم الإيوان إلى ثلاثة إيوانات موازية لحائط القبلة،
وتقوم عقود البوائك على أعمدة بعضها رخامي، وتنتهي بمقرنصات من ثلاثة صفوف، وبعضها الآخر مبني من الحجر، وتعود هذه الأعمدة إلى العصر العثماني .
وقد تبنى الملك عبد الله بن عبد العزيز ،رحمه الله، في عام 2012 ترميم أول مسجدين تاريخيين في جدة التاريخية، هما مسجد الشافعي ومسجد المعمار.
